Le CGFL, certifié par la Haute Autorité de Santé (H.A.S.) en 2007, puis en 2010, est reconnu pour la qualité de sa prise en charge des patients bourguignons. Régulièrement classé dans le Top 10 des Palmarès des hôpitaux (Le Point, L'Express et plus récemment Santéclair), il se distingue notamment dans le traitement des cancers du sein.

Centre multidisciplinaire disposant d'une plate-forme innovante de développement précoce de nouveaux agents anti-cancéreux, il a été retenu comme site pilote par l'INCa dans le cadre de la labellisation des centres d'essais cliniques de phase précoce en cancérologie.